蛋白质从头测序(de novo protein sequencing)
蛋白质测序是利用质谱 (MS)等方法来确定蛋白质氨基酸序列的技术。在质谱技术发展之前,蛋白质的测序主要通过埃德曼降解法(Edman degradation),埃德曼降解法是一种通过逐步从N端降解多肽来获得氨基酸顺序的方法,如今,埃德曼降解法因其技术局限已广泛被质谱法所取代。
蛋白质从头测序(de novo protein sequencing)是一种不依赖于任何已知的序列或者蛋白质数据库信息,直接对蛋白质氨基酸序列进行测定的全新测序技术,此技术对于鉴定全新蛋白的作用尤为突出。抗体作为我们免疫系统中必不可少的分子,是医疗诊断和治疗领域的宝贵工具,因此蛋白质从头测序在抗体领域中有着重要应用。
目前标准的抗体生产流程是首先用抗原对动物进行免疫,刺激天然免疫反应,产生多克隆抗体,其次使用杂交瘤或单细胞测序等分子技术,多抗混合物中分离单个克隆体,也就是单克隆抗体。然而,即使使用相同的抗原对动物进行免疫,不同批次间产生的抗体都有可能存在差异,用DNA 测序的方法进行鉴定十分困难。
基于质谱的蛋白质从头测序技术为以上难题提供了直接有效的解决方法,蛋白质从头测序可以直接确定单克隆抗体的氨基酸序列,所获得的序列信息可用于抗体的体外重组表达,保证了可重复性。蛋白质从头测序还可与生物物理和生化方法技术结合,用于研究分析抗体的结构、亲和力以及翻译后修饰(PTM)。同时,蛋白质从头测序避免了基于同源性数据库搜索中所产生的错误配对问题,是抗体验证过程的重要工具。此外,蛋白质从头测序可大大减少实验动物的使用,节约研究成本。
作为抗体蛋白测序领域的全球领跑者,快序生物拥有先进的从头蛋白测序软件和质谱技术,提供抗体测序服务,以及抗体表达服务,只需 0.1 mg 的抗体蛋白样品,即可保证从 N 端到 C 端,重链轻链准确配对的100%序列覆盖,以便您对您的抗体蛋白质序列充满信心,确保重组抗体表达的成功。
参考文献
1. Ma, B., and Johnson, R. De novo sequencing and homology searching. Mol. Cell. Proteomics. 11(2):O111.014902 (2012).
2. Ma, B. Novor: Real-Time Peptide de Novo Sequencing Software. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 26, 1885–1894 (2015).